Specijalne zbirke su u NUBBiH ustanovljene kao posebno odjeljenje 1951. godine prema jedinstvenom modelu koji je primijenjivan u svim nacionalnim bibliotekama  tadašnje države FNR Jugoslavije. Tako su i posebni, specijalni fondovi NUBBiH sve do 1992. godine bili razvrstani u šest glavnih zbirki prema formi i sadržaju:

1. Rukopisna zbirka

2. Zbirka rariteta i starih knjiga

3. Kartografska zbirka

4. Muzička zbirka

5. Grafička zbirka i

6. Zbirka doktorskih disertacija rukopisu

Obim fondova zbirki prije spaljivanja Biblioteke (25. avgusta 1992.) prelazio je 170.000 bibliografskih jedinica. U velikom požaru stradalo je oko 155.000 specijalnih publikacija. Od šest, gotovo u cijelosti su sačuvane samo dvije, ali na sreću najvrijednije zbirke. To su rukopisna i zbirka rariteta i starih knjiga, koje čine temelj svake nacionalne biblioteke i bez čijeg se postojanja biblioteka ne bi mogla nazvati nacionalnom, odnosno državnom bibliotekom.

Muzička zbirka je u potpunosti spaljena, ostatak zbirke doktorskih disertacija uvršten u osnovni fond, a kartografska i grafička zbirka se obnavljaju na krhkim preživjelim  temeljima. Stoga, danas su u funkciji četiri zbirke koje broje 19.700 bibliografskih jedinica. Najvrijednije unutar njih su najstarije i publikacije muzejskog značaja.

OBILJEŽJA SPECIJALNIH ZBIRKI NUBBiH

Ono što krasi zbirke rukopisa i rariteta NUBBiH, kao i bosanskohercegovačku baštinu uopće, jesu otvorenost, različitost i posebnost. Bosanskohercegovačka kultura je oduvijek bila otvorenaza druge kulture, običaje, jezike, dostignuća i spremna na poštivanje različitosti. O tome svjedoče brojni dokumenti koje čuvaju trezori NUBBiH: službeni, kulturni, vjerski, naučni i drugi spisi pisani i štampani na svim pismima i jezicima velikih civilizacija Istoka i Zapada: latinski, grčki, staroslavenski, arapski, turski,  perzijski, hebrejski, te na italijanskom, francuskom, ruskom, njemačkom, mađarskom i drugim jezicima.

SPECIJALNE ZBIRKE NUBBiH - OGLEDALO BH. HISTORIJE I KULTURE

Najzastupljenija pisma u dokumentima specijalnih zbirki NUBBiH, jesu latinica i ćirilica, te arapsko pismo, ali i njihove redakcije – bosančica i arebica koje doprinose multikoloritu zbirki. Zbog svoje posebnosti, različitosti i internacionalnog obilježja specijalne zbirke NUBBiH zavređuju da budu na raspolaganju svima, potvrđujući multikulturalnost kroz multipismenost i multijezičnost kao prirodnu pojavu u BiH. Pored toga, brojni su dokumenti unutar specijalnih zbirki NUBBiH koji nose obilježje grafijskog i jezičkog dualizma, začetog još u vrijeme srednjovjekovne Bosne, njegovanog za vrijeme osmanske Bosne, očuvanog sve do naših dana. Najbolji primjeri ove posebnosti su brojne službene publikacije, periodika i knjige iz osmanskog doba, štampane paralelno/ uporedo osmanskim - tada  službenim jezikom i pismom (turski jezik, arapsko pismo) na jednoj, i bosanskim jezikom, a ćiriličnim, odnosno latiničnim pismom na drugoj strani. Ovaj fenomen se očuvao do naših dana, kada se u BiH ravnopravno koriste dva pisma – latinica i ćirilica i tri jezika - bosanski, hrvatski i srpski.