Rukopisna zbirka Nacionalne i univerzitetske biblioteke Bosne i Hercegovine sadržajno je razvrstana u tri veće cjeline:

Književno-historijska zbirka, koju čine dokumenti vezani za znamenite historijske, političke i kulturne  događaje i za znamenite bosanskohercegovačke i svjetske ličnosti. Istaknimo zbirku dokumenata Poljičke republike pisane bosančicom, korespodenciju između bosanskih begova, katoličkih svećenika i pravoslavnih sveštenika bosančicom, te brojne pojedinačne rukopise ličnosti svjetskog značaja od 18. do 20. stoljeća.

Arhivska zbirka sadrži nekoliko tematski zaokruženih arhivskih cjelina kao što su Arhiv Mehmed-bega Kapetanovića-Ljubušaka; Arhiv dr. Jovana Kršića; Arhiv Silvija Strahimira Kranjčevića i drugi.

Orijentalna zbirka sadrži dokumente pisane na arapskom, turskom i perziskom jeziku, nastale tokom 17-19. stoljeća. Sadržajno, najveći broj rukopisa odnosi se na društvene nauke, posebno književnost, zatim na religiju i politiku, te prirodne nauke. Zbirka obiluje svečanim izdanjima sa luksuznom orijentalnom iluminacijom. Istaknimo Kur'an iz 1755/56 godine koji je prepisao Husein Bošnjak, a čije je reprint izdanje štampano 1977. godine u Sarajevu.